Secam possiede due laboratori di analisi delle acque. Il primo controlla i campioni prelevati dagli acquedotti ed effettua annualmente circa 3.500 analisi chimiche e microbiologiche. E' strutturato per poter effettuare determinate tipologie di analisi. Questo perché sarebbe inutile controllare parametri relativi ad indicatori che derivano da particolari attività industriali ed agricole non presenti sul territorio.
I parametri analizzati dal laboratorio di analisi Secam sono pertanto:
• chimici (solfati, cloruri, calcio, sodio, potassio, magnesio, nitrati, etc.);
• microbiologici (coliformi totali, enterococchi, escherichia coli, etc.)
Il giudizio di idoneità dell'acqua destinata al consumo spetta in ogni caso, per legge, all’ATS Montagna che svolge a sua volta controlli periodici. È attivo anche un laboratorio che analizza (oltre 500 controlli l'anno) i reflui in uscita dagli impianti di depurazione gestiti da Secam e rilasciati nel fiume Adda. In questo caso, le analisi devono essere finalizzate a verificare il rispetto dei valori limite entro i quali è consentito dalla legge rilasciare nei corsi d’acqua i reflui trattati negli impianti di depurazione.